De Bèta Challenge scholen worden vanuit het landelijke netwerk ondersteund door een bestuur, programmadirecteur en programmabureau. Zij faciliteren en regisseren de samenwerking tussen en de ontwikkeling binnen de BCP – scholen. De Raad van Advies fungeert als kritische sparringpartner en klankbord. In de dagelijkse praktijk werken Bèta Challenge scholen vooral samen met elkaar binnen een regio. Elke regio heeft een stuurgroep-voorzitter die de schakel is tussen de scholen, externe partners zoals de regionale mbo-instellingen en het landelijke netwerk.